Un petit mot de présentation ?
Je suis Jörn SCHMIEDEL, responsable de l’informatique scientifique à Ochre Bio. J’ai un doctorat en biophysique et je travaille dans la biologie computationnelle et la génomique depuis 15 ans. À Ochre Bio, nous essayons de développer des plateformes globales de biologie computationnelle qui sont capables d’analyser et d’agréger toutes les données génomiques que nous produisons et générons au sein de la société.
Fondée en 2019, Ochre Bio est une startup biotech basée à Oxford. J’ai rejoint le projet début 2021 quand nous étions une dizaine de personnes et n’avions qu’un seul laboratoire à Oxford. Aujourd’hui, en août 2022, nous sommes une soixantaine de personnes dans 4 laboratoires à travers le monde. Nous avons 2 laboratoires à Oxford, 1 laboratoire à Taipei et un autre laboratoire à New York. Nous collaborons avec deux grands centres universitaires qui sont Yale, et LifeShare situé dans la ville d’Oklahoma.
Ochre Bio se concentre sur le développement de thérapies ARN et la fourniture de banques de dons d’organes. C’est un énorme besoin avec près d’un quart des personnes dans le monde qui souffrent de problèmes d’excès de graisses dans le foie et qui sont donc à la recherche de transplantations d’organes. Mais de l’autre côté, ces foies malades ne peuvent pas être eux-mêmes transplantés. Il y a donc une forme d’attrition qui apparaît des deux côtés et nous essayons de développer des thérapies pour dégraisser ces foies. Nous avons tout un cycle qui part de la découverte, passe ensuite par le développement de thérapies et va jusqu’aux tests pré-cliniques. Nous générons beaucoup de données génomiques quand nous phénotypons les foies afin de vraiment comprendre ce qu’il se passe quand un foie est gras et quels types de gènes il serait possible de cibler. Et c’est vraiment là que la biologie computationnelle intervient. On process des quantités de données très importantes, on les analyse, on distille de l’information à partir de ces données. On agrège ensuite tout ce qu’on a obtenu comme morceaux d’informations par-ci par-là afin de découvrir de nouvelles molécules thérapeutiques que l’on développe ensuite dans nos laboratoires et qu’on teste ensuite sur des foies malades dans le but d’être capable, un jour, de dégraisser ces foies et de les transplanter chez des patients.
Pourquoi avez-vous contacté Data Champ’ en décembre dernier ?
Nous travaillons sur l’agrégation de toutes les données que nous avons. Nous sommes une équipe de 5 à 6 biologistes dans la société principalement issus de parcours scientifiques donc nous sommes vraiment formés à l’analyse de grandes quantités de données génomiques à la big data, au machine learning, etc. Et ce qui nous manquait c’était quelqu’un qui soit compétent en développement logiciel et particulièrement en développement front end. Ce que nous voulions, c’était développer une interface qui agrège toutes nos données et qui soit capable de les présenter à tous les scientifiques de l’entreprise, mais aussi à des personnes externes, à toutes les parties prenantes, aux investisseurs, et plus globalement au public. Nous voulions construire une interface Shiny avec laquelle tout le monde puisse interagir, sans avoir nécessairement connaissance des données et des complexités sous-jacentes. Nous recherchions donc un développeur front end spécialisé en applications Shiny.
On a contacté quelques agences et consultants et on a fini par trouver Charles sur Toptal avant de l’embaucher en tant que développeur Shiny.
Avez-vous envisagé d’autres solutions, d’autres freelances chez Toptal ou d’autres entreprises ?
Au total, nous avons contacté 4 agences différentes et on a aussi échangé avec deux autres personnes. Mais il n’y avait pas de bon candidat. Donc quand on a échangé avec toi, on était assez convaincu que c’était quelque chose qui pourrait tout à fait fonctionner. Simplement à partir des travaux que tu nous as montrés et de nos premières interactions. Là où tous les autres potentiels candidats ne nous ont pas donnés ce sentiment que ça pourrait marcher avec eux.
Comment s’est déroulée la collaboration de votre point de vue ? Cela correspondait-il à ce que vous attendiez au départ ?
Pour nous ça a vraiment été une coopération tout en douceur. On s’est rapidement mis au travail et j’ai eu le sentiment dès le début que tu étais très proactif dans ta manière de préparer le projet, de te mettre au courant, de comprendre où en était le projet, le statut quo ainsi que nos objectifs pour ce projet. Nous avons été vraiment surpris par la vitesse avec laquelle tu as réalisé toutes les tâches que nous avions en tête.
Et rapidement on a eu le sentiment presque qu’on allait manquer de travail. Et donc on s’est rapidement dit : “Si ça va aussi vite pour s’occuper du front end en Shiny on peut reconstruire l’application complètement. Pas seulement le front mais vraiment toute l’application”. On a donc reconfiguré toute l’application. On l’a rendu plus interactive, plus rapide, plus esthétique. Et c’est là que tu as commencé à t’occuper de plus en plus du back end. Tu étais définitivement beaucoup plus avancé que nous sur le développement back end, et donc tu étais vraiment la bonne personne capable, non seulement de s’occuper du front end, mais aussi de devenir le développeur Shiny en général pour l’entreprise.
Ce qui a commencé par du développement front a fini par devenir de plus en plus de l’administration AWS. Qu’est-ce qui vous a poussé à me déléguer des tâches AWS ?
C’est rapidement devenu clair. Quand tu t’es occupé du front end et dès que tu en avais fini avec le front end, tu as enchaîné sur le nettoyage du back end. On a alors commencé à penser, par exemple, à mettre en place une gestion des accès à notre application Insilico Liver, qui est l’application que nous voulions développer. Il fallait créer des groupes d’utilisateurs, et faire en sorte d’interagir avec notre principal fournisseur d’identité, JumpCloud. Et quand tu as rapidement commencé à faire tout ça, il est devenu clair que tu maîtrisais tous ces éléments du back end ainsi que les interactions avec AWS. C’était une évidence de te demander de prendre la main sur la configuration de réseaux virtuels privés et le déménagement de notre infrastructure serveurs sur ces réseaux. Mais également ensuite te laisser prendre la main sur toute la reconfiguration en général, pour que tout fonctionne avec AWS, pour que ce soit plus sécurisé, plus simple à administrer, plus simple aussi de contrôler ce qui se passe, toutes ces choses-là…
Êtes-vous satisfait de ce qui a été réalisé dans le cadre de cette collaboration ? Comment vous sentez-vous aujourd’hui ?
Oui, nous sommes très satisfaits. Et je pense vraiment que si on devait recommencer, je ne changerais rien parce que le projet a vraiment évolué pour nous. D’un besoin très spécifique et limité, le développement front end, pour ensuite apprendre rapidement que toute l’expérience que tu amènes pouvait être utile. Pour des tâches auxquelles on n’avait même pas pensé, pour des tâches qu’on faisait mais pas correctement. C’est donc vraiment devenu quelque chose d’autre et je ne pense pas qu’on changerait quoi que ce soit si c’était possible.
Aussi, la communication était toujours très rapide, très professionnelle, et toujours très bien structurée. C’est quelque chose que j’apprécie vraiment en tant que personne qui manage une équipe et interagit avec d’autres chefs d’équipes dans l’entreprise. La manière très structurée avec laquelle tu communiquais était juste, vraiment bien structurée, vraiment proactive. Quand on recevait un message, il était clair. On savait quel était le problème et ce que tu avais mis en place pour le résoudre et le clôturer.
Est-ce que tu veux ajouter quelque chose ?
En conclusion, j’ai été super content. Ça a vraiment été une collaboration agréable et qui continue par ailleurs. Vraiment, je ne pense pas qu’il y ait quoi que ce soit à changer. Je suis impatient de voir comment ça va évoluer sur les deux prochains mois, voir comment tu vas développer encore plus l’application. Et on envisage maintenant que tu deviennes notre admin AWS principal. Il y a plein d’autres choses qui vont arriver qu’on ignore encore mais on a vraiment le sentiment que tu fais partie de l’entreprise maintenant et j’en suis très content.
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